Приведены результаты анализа сезонной и пространственной изменчивости температуры и мутности воды в глубоком озере Мунозеро (водосбор Онежского озера). Анализ данных зондирований водной толщи озера мультипараметрическим зондом CTD-90m на продольном разрезе позволил проанализировать особенности термического режима северного глубоководного (глубины более 35 м) и южного (глубины менее 20 м) плесов озера. Продолжительность стратификации больше в северном плесе, что обусловливает там худшие кислородные условия гиполимниона осенью. Обнаружено отличие придонной температуры воды северного (менее 5 °С) и южного (до 9.7 °С) плесов озера, что может оказывать влияние на бентосное сообщество. Экстремальное повышение температуры воды верхнего слоя озера до 26-27°С в периоды жаркой погоды летом представляет опасность для экосистемы озера, так как может способствовать массовому развитию фитопланктона, включая токсичных цианобактерий, а также может быть причиной гибели форели в садках. Выявлены зоны повышенных значений мутности воды в северном глубоководном плесе озера, где действует форелевое хозяйство и несколько туристических комплексов и в южном плесе, куда поступают бытовые и сточные воды сельских поселений и санаториев. В сезонном аспекте прослеживается заглубление слоя повышенных значений мутности по мере заглубления сезонного термоклина. Повышенные значения мутности в придонных слоях глубоководной северной котловины озера свидетельствуют о накоплении осаждающегося взвешенного вещества, что может представлять опасность для озера с замедленным водообменом. Наиболее вероятной причиной повышения мутности воды в озере является деятельность форелевого хозяйства и туристических комплексов.