Изучение подземных вод в области распространения шунгитсодержащих пород Онежской структуры и лабораторные эксперименты по взаимодействию их с водой показали, что причиной формирования сульфатных вод являются сульфиды, широко представленные в высокоуглеродистых породах. Кислородные условия инициируют процесс окисления сульфидов и образование растворимых сульфатов. В зависимости от стадии процесса, минерального состава вмещающих пород и условий миграции подземные воды, имея доминирующий сульфатный тип, приобретают различные значения рН, варьирующий состав и спектр микроэлементов. Кислые стоки, формирующиеся при разработке шунгитов, могут привести к негативным экологическим последствиям. В отдельных случаях концентрации сульфатов, железа и других рудогенных элементов ограничивают применение воды для питьевых целей, формируя минеральные лечебные воды. Данный тип вод, вероятнее всего, связан с растворением накопленных в период последнего Валдайского оледенения продуктов окисления сульфидов с последующей нейтрализацией кислотности за счет взаимодействия с вмещающими породами.