Внутренняя биогенная нагрузка пресноводных водоемов является ключевым звеном в изучении и моделировании процессов эвтрофирования озер и водохранилищ. Представлен краткий обзор основных методов определения внутренней биогенной нагрузки водоемов. Все применяемые методы разделены на экспериментальные и расчетные. К числу экспериментальных методов отнесены прямые лабораторные определения потоков на границе «вода-донные отложения» и определение внутренней нагрузки по балансу биогенных веществ в гиполимнионе. Среди расчетных методов доминируют оценки потоков биогенных веществ из донных отложений, проводимые по расчетам внешнего баланса биогенов в водоеме. К таким же методом отнесены оценки потоков веществ из донных отложений, основанные на определении содержания вещества в различных слоях донных отложений. Отдельно рассматриваются попытки использования эмпирических зависимостей для оценки внутренней нагрузки. Наиболее перспективными методами оценки внутренней нагрузки признаются методы математического моделирования внутриводоемных процессов. Приводятся примеры расчетов биогенной нагрузки. Подчеркиваются преимущества и недостатки каждого из представленных методов.